Como é sabido, durante sessenta anos na viragem do século XVI para o XVII, Portugal partilhou o chefe do Estado com a Espanha (e outros territórios extra-peninsulares sob domínio espanhol). Os reis foram três, cada um reinando em Portugal sensìvelmente vinte anos:
1580-1598 Dom Filipe I de Portugal (1556-1598 Felipe II de España)
1598-1621 Dom Filipe II de Portugal (1598-1621 Felipe III de España)
1622-1640 Dom Filipe III de Portugal (1621-1665 Felipe IV de España)
Tècnicamente, o governo estava em Madrid, na pessoa do rei, mas na prática não era bem assim. Nas Cortes de Tomar de 1581 tinha ficado estabelecido que a Coroa de Portugal manteria um governo próprio em Lisboa, sendo o rei nele representado por um vice-rei (ou por um conselho de governadores). Em Lisboa permaneceriam as instituições tradicionais de governação do Estado, a saber: Secretaria de Estado, Secretaria das Mercês e Expediente, Conselho de Estado, Mesa do Desembargo do Paço, Mesa da Consciência e Ordens, Casa da Suplicação, Casa da Índia, Casa dos Contos, &c. Eis uma lista dos chefes de governo em Lisboa nesse período:
Governo em Lisboa (1580-1640):
1580 - conselho de governadores / rei Dom António I, pessoalmente
1581 - rei Dom Filipe I, pessoalmente
1583 - 1.º vice-rei, Dom Alberto de Áustria, cardeal arquiduque
1593 - 1.º conselho de governadores (pres. Dom Miguel de Castro, arcebispo de Lisboa)
1600 - 2.º vice-rei, Dom Cristóvão de Moura, 1.º marquês de Castelo Rodrigo
1603 - 3.º vice-rei, Dom Afonso de Castelo Branco, bispo de Coimbra
1605 - 4.º vice-rei, Dom Pedro de Castilho, bispo de Leiria
1608 - 5.º vice-rei = 2.º vice-rei
1612 - 6.º vice-rei = 4.º vice-rei
1614 - 7.º vice-rei, Dom Frei Aleixo de Meneses, arcebispo de Braga
1615 - 8.º vice-rei, Dom Miguel de Castro, arcebispo de Lisboa
1617 - 9.º vice-rei, Don Diego de Silva y Mendonza, 1.º marquês de Alenquer
(1619 - rei Dom Filipe II, pessoalmente por 3 meses)
1621 - 2.º conselho de governadores (pres. Dom Martinho Afonso Mexia, bispo de Coimbra)
1623 - 3.º conselho de governadores (pres. Dom Diogo de Castro, 2.º conde de Basto)
1626 - 4.º conselho de governadores (pres. Dom Afonso Furtado de Mendonça, arcebispo de Braga)
1631 - 5.º conselho de governadores (sem presidente, apenas dois conselheiros)
1633 - 10.º vice-rei, Dom João Manuel, arcebispo de Lisboa
1633 - 11.º vice-rei, Dom Diogo de Castro, 2.º conde de Basto
1634 - 12.ª vice-rainha, Dona Margarida de Savóia, duquesa consorte de Mântua
1640 - rei Dom João IV, pessoalmente
Fonte: Oliveira Marques (2006, 6.ª ed.)
Breve História de Portugal.
Organigrama das instituições do governo de Portugal durante o período filipino. Fonte: Luxán Meléndez, p. 576.
Em Madrid (e Valhadolid 1601-1606), e seguindo a lógica polissinodal da monarquia filipina, o rei governaria Portugal através de um conselho constituído por portugueses, instrumento que deveria servir de ponte entre o rei e o vice-rei (ou os governadores). Este conselho teve regimentos em 1586, 1607 e 1633; foi substituído por uma junta em 1639 e finalmente reestabelecido em 1658 (após a secessão de Portugal e, portanto, sem ter qualquer utilidade), para ser extinto em 1668 com o reconhecimento oficial por parte da monarquia espanhola da separação definitiva de Portugal. Eis a lista dos presidentes do Conselho de Portugal (inicialmente com o título de vèdor da Fazenda): [Nota anedótica: Juan de Borja era filho de São Francisco de Borja e de Leonor de Castro, portuguesa; veio a casar com Francisca Barreto, também portuguesa, e o seu filho Carlos de Borja nasceu em Lisboa. Um exemplo da
"política matrimonial hispano-lusa nada sorprendente entre algunas familias de la aristocracia cortesana peninsular de los siglos xvi y xvii, incentivada durante la época de la Unión de Coronas (1580-1640)".]
Conselho de Portugal, junto do rei em Madrid (1583-1668):
substituído por uma Junta de Portugal entre 1639-1658
1583 - vèdor Dom Cristóvão de Moura, 1.º marquês de Castelo Rodrigo
1600 - vèdor Don Juan de Borja, conde de Ficalho iure uxoris
1607 - pres. Dom Carlos de Borja, duque de Villahermosa iure uxoris
1616 - pres. Dom Frei Aleixo de Meneses, arcebispo de Braga
1617 - pres. Dom Carlos de Borja, duque de Villahermosa iure uxoris
1647 - (pres.) Dom Jerónimo de Ataíde, "marquês de Colares"
1668 - supressão definitiva do Conselho
Secretários do Conselho (e da Junta) de Portugal em Madrid
1583-1586 Nuno Álvares Pereira
1583-1602 Pedro Álvares Pereira, Estado
1602-1607 Luís de Figueiredo, fazenda
1602-1605 Martim Afonso Mexia, Estado
1605-1606 João Brandão Soares, eclesiástico
1602-1614 Fernão de Matos, eclesiástico e Estado
1614-1631 Francisco de Lucena, Estado
1631-1631 Marçal da Costa, Estado
1631-1643 Diogo Soares, Estado, fazenda e justiça
1631-1632 Luís Falcão, Índia
1602-1629 Francisco de Almeida de Vasconcelos, faz. e mercês
1629-1655 Gabriel Almeida de Vasconcelos, mercês
1655-1668 Afonso de Lucena
1658-1668 Francisco António de Almeida
1666-1668 Crispim Gonçalves Botelho
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V. também Jean-Frédéric Schaub (2001) Portugal na Monarquia Hispânica (1580-1640), Livros Horizonte.