Tendemos a pensar que só houve uma universidade de facto em Portugal até 1911, a data da formalização republicana das universidades de Lisboa e do Porto. Esquece-se quase sempre a universidade em Évora por ter sido mantida por Jesuítas e não ensinar todas as matérias escolásticas. O certo é que, ainda que o studium generale fosse apenas um único de jure saltitando entre Lisboa e Coimbra, pode-se perfeitamente pensar nas universidades pré-1911 da seguinte maneira:
Universidade de Lisboa
> 1290-1308, 1338-1354, 1377-1537, 1911-hoje
Universidade de Coimbra
> 1308-1338, 1354-1377, (1443-1449), 1537-hoje
Universidade de Évora
> 1559-1759, 1973-hoje
Não acredito que Lisboa tenha perdido inteiramente o ensino, já que em 1537 muitos dos lentes se recusaram a viajar para Coimbra. Não estavam era dentro da universidade de jure. Bom, isto são só especulações minhas... Notas para pensar, pesquisar e quiçá escrever mais tarde qualquer coisa...